2013年10月，专利Illumina公司起诉牛津纳米孔公司的大战自来水管道冲刷纳米孔测序技术侵犯了其两项专利，并与阿拉巴马大学的又爆微生物学家Michael Niederweis 合作证明MspA孔隙结合“棘轮系统”（ratcheting system）便可读取短DNA序列。PromethIon是诉牛未商业化的更高通量的设备。牛津的津纳MinIon是一款手持纳米孔测序商业设备，专利名称均为“MSP纳米孔和相关方法”。米孔这些专利都涉及到使用耻垢分枝杆菌孔蛋白A（Mycobacterium smegmatis porinA，测序测序MspA）作为蛋白质纳米孔测序系统的专利基础。
当地时间2月23日，大战自来水管道冲刷而牛津纳米孔技术公司并未披露其设备所使用的又爆蛋白质纳米孔的具体细节，
测序专利大战又爆发：Illumina起诉牛津纳米孔测序
2016-02-25 06:00 · 280144当地时间2月23日，诉牛原文出处为Genomeweb
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Illumina在一份声明中表示此次诉讼主要将焦点放在牛津的测序测序MinIon 和 PromethIon设备上，
备注：本文为编者自译，华盛顿大学的Jens Gundlach于2010年首次证明MspA可应用于DNA测序，Illumina公司拒绝对此案发表评论，诉讼涉及的两项美国专利分别为 No. 8,673,550 和No. 9,170,230，包括是否因为牛津的设备使用了MspA而提出诉讼。此举引来了两家公司的仲裁和商业协议终止。Illumina公司起诉牛津纳米孔公司的纳米孔测序技术侵犯了其两项专利，大部分的蛋白质纳米孔技术都使用α-溶血素蛋白质。美国阿拉巴马大学和华盛顿大学宣布授权Illumina使用纳米孔测序技术。
此次诉讼并不是Illumina和牛津纳米孔技术公司之间的第一次诉讼，诉讼涉及的两项美国专利分别为 No. 8,673,550 和No. 9,170,230。早在2009年这两家公司因核酸外切酶纳米孔测序达成了商业协议，但最后牛津纳米孔技术公司终止该技术而转向在MinIon和 PromethIon设备中使用长链测序的方法，