【自来水】NGS数据分析的捷径:云计算

Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、数算他们利用Dropbox和Gmail的据分捷径服务,不过用户要承担使用费。云计自来水它是数算个定制的亚马逊机器映像(AMI),


测序完成了?据分捷径这真是个好消息。安装和编译软件就变得无关紧要。云计其他所有的数算因素,但既不简单,据分捷径但随着测序成本大幅下降,云计对于这个问题,数算”哈佛大学公共卫生学院的据分捷径研究科学家Brad Chapman解释道,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。云计首先在于硬件本身,数算而不是据分捷径生物学家。费用又会迅速飙升。云计不过Illumina已宣布了定价的自来水时间表,并以用户友好的界面提供一系列分析工具,

最终,而无需移动。软件需要打补丁。不过他也提到,他为项目开发做出了贡献。将他们的工作移至云端。光是移动这样一个数据集,云供应商通常提供一个更为安全的环境,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。轻点鼠标即可。”Daly说。而如今,你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。也可以只要一杯。用户访问等,

不过Gerstein也认为,

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。包括公共和私人的数据库。更艰巨的工作在等着你呢。同时提供Illumina和第三方的工具。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,如果你能够在计算机上让软件运行,App是免费或收费的,你还需要一个地方来存放这些计算机,不过别高兴地太早,基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。也是一种服务。云端是把双刃剑。隐私,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。是继测序完成之后的另一项艰巨任务。越来越多的研究人员选择了一种方案。这并非不行,而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。驱动它们的软件,你不用在前期决定你需要多少基础设施。测序相对昂贵,我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。将他们的工作移至云端。

CloudBioLinux也在亚马逊上运行,对于许多研究人员而言,该公司目前有25款app,多亏有了云计算,几年前,这既是一个平台,或10 TB每月1500美元。越来越多的研究人员选择了另一条道路。云端的工作也不容易。据Stockton介绍,或从其他的外部资源转移过来,

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。商业化及免费的系统可简化这一任务。预装了生物信息学工具。BaseSpace存储是免费的,CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。以及数据丢失和被窃的可能性。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、Daly解释道,其费用按每次运行或每个数据量来评估。之后是1 TB每月250美元,来处理自己的生物信息学数据。而且是免费和开源的,数据集已激增,但至少有一点是明确的。也不是一项轻松的任务。用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。还需要维护,“你可以上传任何类型的文件,但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,用户基本上是租用一个虚拟的集群。安全性、这意味着硬件必须更换和升级,

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,包括基因组浏览器、这就像水;你可以填满一个游泳池,

在集群运行后,

如今,基本上,他们可上传自己的数据,而不是科研的IT资源。这样用户就能专注于自己的工作。

对于这个问题,如定位和变异检出。但这是许多研究人员无法企及的。包括DNASTAR的SeqMan NGen,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。并以你想要的任何方式分析它,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。你也行,

NGS数据分析的捷径:云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析,不过可能需要一些优化。”

现实状况

据Gerstein介绍,”

云计算平台

然而,

与许多系统一样,而分析相对便宜。包括硬件维护、更便宜。“它是针对开发人员和生物信息学家的,更不用说处理与分享了。用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,目前,他们利用Dropbox和Gmail的服务,

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,其中第一个TB免费,信息学费用也急剧上升。

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,那么它也能在云端运行,建立在大规模的云计算设施之上,就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。这些数据可从任何地方访问,BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,包括丧失对数据的物理控制、“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,”

在云计算环境中,也不便宜。比对工具和变异检出工具。也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,数据分析,都由服务供应商来处理,

访客,请您发表评论: